A pályázók 2006. január 1-jétől minden további nélkül visszaigényelhetik a kifizetéseik után felmerült általános forgalmi adót, a törvény azonban nem visszamenőleges hatályú, vagyis csak azokra a kedvezményezettekre és azokra a kifizetésekre érvényes, amelyek 2006. január 1-jétől merülnek fel.
Akik már 2005-ben vagy 2004-ben elkezdték és be is fejezték projektjüket, azok viszont elesnek a nekik járó áfától.
Bonyolultabb a helyzet ott, ahol még nem fejezték be a beruházást. Ebben az esetben kérdés, hogy mi lesz azokkal a kedvezményezettekkel, amelyeknek már elfogadott költségvetésük van, és szerződéskötésre várnak, illetve azokkal, akiknek már – az eddigi törvényi szabályozás alapján – aláírt szerződésük is van.
„Várható, hogy a kissé összezavart közreműködő szervezetek addig nem kötnek szerződést, amíg nem kapnak pontos instrukciókat” – véli Karip Krisztina, a Kopernikusz Innovációs Egyesület projektmenedzsere. „Amint kézhez kapják ezeket, úgy kezdődhetnek a költségvetés-módosítási mizériák: minden kedvezményezettnek ki kell vennie a költségvetéséből a beépített viszsza nem igényelhető áfát. Persze kizárólag a 2006. január 1-jétől felmerülő költségekre vonatkozóan, odáig ugyanis még a régi törvény érvényes.”
Akiknek már megkötött szerződésük van, azoknál a helyzet hasonló, azzal fűszerezve, hogy itt minden esetben módosításra lesz szükség, hiszen nemcsak a költségvetés összetétele változik, de maga a támogatási összeg is.
A változás bizonyos esetekben pozitívumokkal is járhat: a kulcs 25 százalékról 20 százalékra csökkentése a már elfogadott költségvetéssel rendelkezőknél akár pluszforrásokat is eredményezhet a két áfaszint különbségéből adódóan.
Egyértelműen akkor van előnyös helyzetben a nyertes pályázó, ha még nem csinált semmit, és a projektjével kapcsolatos beszerzéseket 2006-tól kezdi el – mondta el a Világgazdaságnak Oszkó Péter, a Deloitte adótanácsadója. Vagyis szerinte a jövőt tekintve kedvező a pályázók szempontjából az új törvény.
Az Európai Bíróság (EB) vonatkozó döntése alapján két eset történhet a pórul járt nyertessel: vagy hazai bírósághoz fordul, és amennyiben az elfogadja az EB-döntést, akkor fél év alatt lezárul az ügy, vagy a hazai bíróság újra kikéri az EB véleményét, és akkor két évig is tarthat az eljárás.
