A sajátos magyar kutatási infrastruktúrának a főként alkalmazott kutatásokat támogató OMFB mellett a másik fő pillére az alapkutatást menedzselő Országos Tudományos Kutatási Alap (OTKA). Miután az alapkutatás közvetlenül nem – vagy csak hosszú évek múlva – váltható aprópénzre, ennek a kutatási területnek az 1986-ban létrehozott – 1991 óta független – OTKA az egyetlen számottevő forrása.
A nemzetközi gyakorlatnak megfelelő pályázati rendszerben működő alaphoz befutó pályamunkák opponensek és szakzsűrik szűrőjén át jutnak a bíráló bizottságig. A kiírástól számított 6 hónapon belül általában megszületik a döntés, a szerződés előkészítése és a pénz átutalása általában további 3-4 hónapot igényel. A tudományos közvélemény kezdetben idegenkedett az OTKA-tól, a hazai gyakorlatban ugyanis szokatlan volt a nyilvános versenyeztetés. Mivel azonban minden érintett tudta, hogy a fejlett országokban ez a módi, a magyar kutatók is elfogadták az új szisztémát. 1991-ben 1,8 milliárd, 1992-ben 2 milliárd, 1993-ban 2,44 milliárd, 1994-ben 1,94 milliárd, tavaly pedig 1,7 milliárd forintból gazdálkodhatott az alap. A lehetőségek szűkülése érthető, hiszen az elfogadott – legtöbbször 4 évre szóló – szerződések terhei a következő években jelentkeznek. (Idén például 1,39 milliárd a korábbról eredő kötelezettség.) A kutatási pénzek felhasználását szigorúan ellenőrzik – alapkövetelmény, hogy a rezsiköltség nem lehet több a teljes támogatás 15 százalékánál. Az alap költségvetési helyzetét mindenképpen javítani fogja az év második felében parlament elé kerülő non-profit törvény is.
Egy ilyen alap hatékonysága nehezen mérhető, néhány adat azonban támpontul szolgálhat. Andorka Rudolf, az OTKA elnöke szerint Magyarországon a világ összes kutatási pénzének 0,06 ezrelékét használják fel, s ebből hozzák létre a természettudományos publikációk 0,46, az európai szabadalmak 0,22 százalékát. Vagyis a magyar kutatás – s benne vélhetően az OTKA is – a mérhető kritériumok alapján meglehetősen termelékeny.
