Az intézményt hat éve, az amerikai csapatok bevonulásakor teljesen kifosztották, felbecsülhetetlen értékű antikvitások és kincsek tűntek el a bevonulást követő káoszban. A hivatalos ünnepségre egy nappal az előtt került sor, hogy az intézményt a látogatók számára is megnyitnák. Hivatalos körök szerint a múzeum megnyitásával a vérzivataros évek után Bagdad újabb mérföldkőhöz érkezett a stabilitáshoz való lassú visszatérés útján.
A múzeumban külön termet szenteltek azoknak a műkincseknek, amelyeket elhurcoltak, de később visszajuttattak vagy megtaláltak. A múzeumot – amely egykor a világ legnagyobb kőkorszaki, biblia korabeli és iszlám fénykorából származó darabok gyűjteményét tudhatta magáénak – szinte teljesen kifosztották a Szaddám Huszein vezette rezsim bukása után. Akkoriban az amerikai csapatokat kemény bírálatok érték, amiért nem védték meg az intézmény gyűjteményeit.
Az UNESCO szerint mindmáig mintegy 7000 műtárgy – köztük 40-50 történelmi fontosságú darab – hiányzik a korábbi gyűjteményből. Más beszámolók szerint az amerikai invázió után 15 ezer műtárgy tűnt el, és csak 6 ezer került elő.
