Az 1800-as évek közepéig a Kis-Balaton a Balaton szerves része volt. A Sió-csatorna megépülése előtt a lefolyástalan tó vízszintje akár 3-5 métert is ingadozhatott, és a Balaton vízszintjével természetesen együtt mozgott a Kis-Balatoné is.
A Budapest–Nagykanizsa vasútvonal megépülésével párhuzamosan elkészült a Sió-csatorna, amellyel megteremtődött a vízszintnek a meteorológiai viszonyoktól többé-kevésbé független szabályozása. Ma a vízszintet 0,3 méteren belüli ingadozással tartják állandó szinten. A mai szabályozott tóvízszint 2-3 méterrel az ősállapot közepes szintje alatt van, emiatt zsugorodott össze a Kis-Balaton egykori vízfelülete. A lesüllyesztett tóvízszint lehetővé tette a Zala medrének kiépítését és töltésezését, így viszont a környező, tápanyagot visszatartó mocsarak kapcsolata megszűnt a folyóval.
Ez nem is okozott addig problémát, amíg a szennyezés mértéke nem ugrott meg számottevően. A hetvenes évek közepére azonban a Balaton vizét 40 százalékban tápláló Zala már olyan mennyiségű vegyszert, növényvédőszert, és szennyvizet szállított a Keszthelyi-öbölbe, hogy annak vize szinte fürdésre alkalmatlanná vált.
A vízminőség javítása érdekében az eredeti állapot visszaállítására nem volt lehetőség, ezért a vízügyi szakemberek kétlépcsős szűrőrendszer kiépítésén kezdtek gondolkodni. A folyó vize először az első ütemben megépült tározóban kering harminc napot, ennyi idő alatt lelassul a mozgása, hordalékát lerakja, a növényzet megfogja a szerves anyag nagy részét. A tervek szerint ezután a víz a második tározóba folyik át, ahol további 60-90 napot tölt. Így végül a Keszthelyi-öbölbe már szinte tökéletes tisztaságú víz kerülne.
A beruházás első üteme 1984-re készült el, a második ütem keretében eddig csak egy kis részt, az Ingói-bereket árasztották el. A második tározó kiépítése évről-évre csúszik, a mostani tervek szerint – az eredetiekhez képest jó húsz év csúszással – 2010-re épülne meg.