A kegyelmi botrány egyik fontos szereplője, Balog Zoltán volt miniszter lemondott a Közép- és Kelet-Európai Történelem és Társadalom Kutatásáért Alapítvány kuratóriumi tagságáról. Mindez úgy derült ki, hogy az mfor.hu kérdést intézett az alapítványhoz, amelynek válasza szerint már február 21-én távozott Balog a testületből. Nem ez az egyetlen tisztség, amelyről lemondani kényszerült Novák Katalin exelnök bizalmasa: el kellett köszönnie a Református Zsinati elnöki posztjától és a Kis Virtuózok Alapítvány tiszteletbeli elnöki posztjáról.
Balog azonban nem mondott le mindenről: a püspöki pozícióját megtartotta, kuratóriumi tag továbbra is az Erzsébet a Kárpát-medencei Gyermekekért Alapítványban valamint az V. kerületi önkormányzat által alapított Belváros-Lipótváros Egyházi Épületekért Közalapítványnak is tagja.
Mint ismert, Balog javaslatára adott kegyelmet Novák Katalin a pedofil-bűncselekmények eltussolása miatt elítélt K. Endrének, a bicskei gyermekotthon volt igazgatóhelyettesének, ami miatt Novák Katalinnak és a kegyelmet ellenjegyző akkori igazságügyi miniszternek, Varga Juditnak is távoznia kellett a közéletből.
