Az intézmény évek óta adósságokat görget maga előtt, amihez a KEHI szerint belső okok is vezettek. Így a hivatal szerint az egyetem egyetlen szervezeti egysége sincs tisztában saját valós gazdasági helyzetével. Az intézmény 1,68 milliárdot veszít az egyetem egyik épületén, amit magáncéggel építtettek, de hiába fizetik ki a beruházás teljes költségét 20 év alatt, soha nem kerül saját tulajdonukba az épület.
Olyan esetek is előfordultak, hogy milliós végkielégítéssel kirúgott dolgozókat vettek vissza, akik a pénzt nem fizették vissza. Az egyik kollégium üzemeltetését egy magáncégre bízták, ami a gondnoki tevékenységen kívül minden munkát alvállalkozóknak passzolt le. A gondnoki feladatot a cég ügyvezetője látta el, ezért havonta 1,4 millió forintot fizetett ki neki az egyetem.
A hallgatói önkormányzatnál sikkasztás és csalás gyanúja is felmerül. A HÖK saját rendezvényeinek pénzügyeivel nem tudott elszámolni. Az intézmény az általa létrehozott cégeknek sem nagyon nézett a körmére, egy kft. több mint negyvenmilliós kintlévőségét engedte el.
