A magyar organikus építészet mestere Budapesten született, élete első tíz évében sok időt töltött apja szülőfalujában, a zalai Nagykapornakon ez későbbi pályájára is nagy hatást gyakorolt. Egyetemi tanulmányait a Budapesti Műszaki Egyetem Építészmérnöki Karán 1954-ben kezdte és 1959-ben fejezte be.
1959 és 1977 között különböző állami tervezővállalatoknál dolgozott, de közben munkatársaival a vidéket járta, hogy a falvakban kulturális egyesületeket szervezzen és faluházakat építsen azok megmaradása érdekében. Sárospatakon a panel típusú házaknál jóval költségkímélőbb lakóházakat is építettek, de az állami vezetés ezt nem nézte jó szemmel, így önkéntes száműzetésbe vonult, és 1977-1981 között a Pilisi Parkerdő Gazdaság főépítészeként dolgozott.
Karrierjében akkor következett be az áttörés, amikor 1981-ben önálló építészirodát alapított, és a Makona Tervező Kisszövetkezet vezetője lett. Számos középületet (templomot, művelődési házat) tervezett, elsősorban vidéki városokban. Teljesen egyéni kompozíciójú épületeivel vált híressé, az organikus építészeti stílus megteremtője.
Első figyelemreméltó munkájának a paksi templomot tartotta, amely karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetével, ívelt kapubejáratával, egyéni stílusával országos hírnevet szerzett tervezőjének. Hasonlóan turistalátványosság és stílusának karakteres hordozója a néhány évvel előbb épült siófoki evangélikus templom is. Ennél is korábbi munkája a Farkasréti temető ravatalozójának belső tere. De az ő hírnevét öregbíti a Pázmány Péter Katolikus Egyetem piliscsabai épületegyüttese, a középkori hangulatot keltő Stephaneumon is. Jellegzetes stílusjegyeit hordozza újabb munkái közül a makói Hagymaház és az egri uszoda.
Építészként fő műve az 1992-es sevillai világkiállítás magyar pavilonja. Máig száznál több különböző funkciójú, jellegzetes stílusjegyeket hordozó épület jelzi munkásságának eredményét. A hagyományos alapanyagok, és főleg a fa felhasználásával készült épületeknek hagyományőrző hatása van, így a fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használta. Szerinte az épületnek úgy kell kinéznie, mintha az alja a földből nőtt volna ki és a teteje pedig az égből esett volna le rá. Építészete organikus, mivel szándéka az, hogy egylényegűvé váljon az épület a környezettel, szervesen illeszkedjen a tájba.
1981-től a BME, az Iparművészeti Főiskola és a MÉSZ Mesteriskola, 1987-től a Nemzetközi Építészeti Akadémia tanára lett, 1989-ben a Kós Károly Egyesülés egyik alapítója volt, később örökös tagjává választották. 1992-ben a Magyar Művészeti Akadémia egyik alapítója volt, később elnöke lett és soraiban tudhatja a Nemzetközi Építészeti Akadémia is.
Munkássága elismeréseként 1969-ben a legrangosabb építőművészeti szakmai díjjal, az Ybl-díjjal, 1990-ben Kossuth-díjjal, 1996-ban Magyar Örökség Díjjal tüntették ki. 2001-ben megkapta a Corvin-láncot, 2003-ban a Prima Primissima díjat. 2008-ban Teleki Pál-érdemérmet kapott, 2009-ben Főépítészi Életműdíjjal tüntették ki. 2010-ben Zala megye, 2011 júniusában Budapest díszpolgárává választották. 2011. szeptember 10-én még átvette a Szent István-díjat az esztergomi Vármúzeum Korona-termében.
Konzervatív közéleti személyiségként is ismert, ez a tevékenysége a rendszerváltás után lett intenzívebb. Különböző közéleti civil egyesületeket alapított. A konzervatív politikusok tanácsadóként véleményét gyakran kikérték.
Az Országépítő Alapítvány egyik alapítója, azóta kuratóriumának elnöke volt haláláig. 1993-1998 között a Herendi Porcelángyár Rt. Igazgatótanácsának elnöke, 1996-1998 között pedig a Magyar Nemzet szerkesztőbizottságának tagja volt. A Balassi Bálint-emlékkard díjazást odaítélő Balassi Kuratórium elnöke. A konzervatív, jobboldali közéleti személyiségeket, tudósokat, művészeket tömörítő Nemzeti Egység Mozgalom vezetője. 2002-ben részt vett a Szövetség a Nemzetért polgári kör megalapításában.
Szőcs Géza, a Nemzeti Erőforrás Minisztérium (NEFMI) államtitkára elmondta, Makovecz Imre halálával a magyar kultúra egy kiemelkedő alakja és a 20. század utolsó évtizedeinek legkiválóbb műépítésze távozott, hozzátette az építészt a NEFMI saját halottjának tekinti.
