Az árvíz két területen okoz kritikus helyzetet a vasúti közlekedésben. Észak-Magyarországon, ahol Sajó, a Hernád és a Bódva egyidejűleg árad, és a Duna mentén, a hegyeshalmi vonalon. Ott Komárom és Almásfűzítő között közvetlenül a folyó partján, az árvízvédelmi töltésen fut a pálya.
Észak-Magyarországon nem egy helyen a sín is víz alá került, máshol annyira átázott a pálya, hogy vagy nem lehet rajta közlekedni, vagy csak jelentős sebességkorlátozással haladhatnak a vonatok. Több helyen a folyók vize már eléri a vasúti hidakat, a szerkezetet veszélyezteti. Ilyen esetben a hidat le kell terhelni azért, hogy az áradat miatt ne sérüljön meg. Ott, ahol kétvágányú a közlekedés, a folyással szembeni vágányra kövekkel megrakott teherszerelvényt állítanak, ami biztosítja a híd ellenállását a víz sodrásával szemben.
Borsod-Abaúj-Zemplén megyében a Sajón és a Hernádon átívelő hidakon már ilyen tehervonatok vesztegelnek Felsőzsolcánál, Hernádnémetinél, Sajóecsegnél. Az egyvágányú, veszélyeztetett szakaszokon jelentős korlátozásokat kellett bevezetni.
A komáromi vonalon várhatóan hétfőn tetőzik a Duna. Az elmúlt huszonnégy órában több mint háromszáz ember erősítette a pályát, négyszázezernél is több homokzsákot pakoltak le. A vasúti közlekedést a hegyeshalmi vonalon és az észak-magyarországi fővonalakon is fenntartják. A MÁV minden erőforrásával biztosítja a vasúti közlekedést, szállítja az árvízi védekezésben részt vevőket.
A miskolci pályaudvaron két szerelvény várakozik, ezeket szükség esetén az esetleges nagyobb létszámú kitelepítésekhez használhatják fel.
