A Budapest-Pécs vonalon az áradások és belvizek miatt Keszőhidegkút-Gyönk és Szakály-Hőgyész, illetve Sásd és Godisa állomások között csökkenteni kellett a vonatok sebességét, emiatt azok átlagosan 10-15 perc késéssel közlekednek.
A Budapest-Miskolc-Sátoraljaújhely vonalon Hort-Csány és Vámosgyörk állomások között is hasonló a helyzet.További, 10 perc késést okoz az, hogy Nyékládháza és Miskolc
között az egyik vágány is vízben áll, ezért a másik vágányon
váltakozó irányban kell közlekedni.
A Dombóvár-Bátaszék vonalon Dombóvár és Máza-Szászvár között pedig előreláthatóan 2010. június 7-ig vonatpótló buszok közlekednek. Ám a buszok Mágocs-Alsómocsolád megállót nem érintik, mivel az közúton megközelíthetetlenné vált.
Van ahol a víz már alámosta az egész vasúti pályát, például Vámosgyörk-Újszász-Szolnok szakaszon Jászárokszállás és Jászapáti állomások között, ezért arrafelé vonatpótló buszok közlekednek.
Így van ez Miskolc és Sátoraljaújhely között, Olaszliszka-Tolcsva és Sátoraljaújhely állomásoknál, ahol feltehetőleg 2010. június 10-ig helyettesítenek az autóbuszok.
Az Aszód-Balassagyarmat-Ipolytarnóc vasútvonalon Magyarnándor és Nógrádkövesd között a heves esőzés elmosta a vasúti pályát. Az utasokat Nógrádkövesd és Balassagyarmat között előreláthatóan június 5-én éjfélig vonatpótló buszok szállítják.
