A köztársasági elnök szerint a törvény egyes szabályai ellentétesek a tudományos élet szabadságával, melyet az alkotmány kiemelten fontos alapjogként biztosít. A törvény ugyanis több olyan kérdést az újonnan létrehozandó irányító testületek hatáskörébe utal, mely a felsőoktatási intézményeken belül a tudomány kérdéseit közvetlenül érinti – tartalmazza a közlemény.
Az államfő emellett alkotmányellenesnek találta azokat a szabályokat is, melyek a kormányt hatalmazzák fel azoknak a tudományágaknak a meghatározására, amelyeken doktori képzés folyhat. Mádl Ferenc szerint a tudományágak meghatározása e tekintetben olyan tudományos kérdés, melyben csak a tudomány művelői jogosultak dönteni. Az ő hozzájárulásuk nélkül ilyen tárgyban jogszabály nem alkotható.
A köztársasági elnök kifogásolta emellett, hogy a törvény az oktatási miniszter bizonyos fenntartói döntéseivel szemben nem biztosítja a bírósághoz fordulás jogát a felsőoktatási intézmények számára. Így a felsőoktatási intézmények autonómiáját és a tudomány művelését érintő döntésekkel szemben bírói jogvédelem nélkül maradnak az intézmények.
Végül a jogbiztonságot sértőnek és így alkotmányellenesnek találta az államfő, hogy a törvény alapján a jelenleg hatályos felsőoktatási törvény alkalmazhatóságának végső időpontja nem állapítható meg. A jogalkalmazónak kellene a régi és az új felsőoktatási törvény szabályai között a pontos viszonyt megállapítani, és ez alapján eldönteni, hogy a jelenleg hatályos törvény egyes rendelkezései alkalmazhatóak-e még. Ez elemi módon sérti a jogállamiság elvéből eredő jogbiztonságot, ami azért is aggályos, mert több tízezer érintett helyzetének szabályozása válik bizonytalanná.
