Az értékelés szerint az alap forrásai és kiadásai nem a közép-, illetve hosszú távú tervekben foglalt ütemezés szerint alakultak. Ennek oka többek között, hogy az alap értékállóságát biztosító költségvetési támogatás törvényi rendelkezése 2001-ben megszűnt, majd 2003-ban lépett ismét hatályba. A kieső összeget a Paksi Atomerőmű Rt. időarányosan – az áramdíjban felszámítva – 2017-ig fizeti meg.
Az alap beruházási előirányzatát a költségvetés tervezésének folyamatában a Pénzügyminisztérium – különösen 2004-től – alacsonyabb összegben hagyta jóvá. Ez a 2004-2005. években 14,1 milliárd forintot tett ki. Az alap – döntően a Paksi Atomerőmű Rt. befizetéséből származó – bevétele nyújt fedezetet a radioaktív hulladékok és kiégett üzemanyag kazetták átmeneti, ill. végleges elhelyezését célzó fejlesztésekre, a tárolók működtetésével kapcsolatos kiadásokra.
