Az adóhivatalok – augusztus 1-15. között – a jelenlegi nyilvántartások alapján minden olyan adózónak megküldik az uniós adószámát, akiről tudják, hogy uniós tagországgal, vagy csatlakozóval külkereskedelmet folytat.
Aki viszont a későbbiekben tesz szert uniós üzleti partnerre, annak az illetékes adóhivatalnál kell kérnie az uniós adószámot. Ha viszont egy vállalkozásnak megszűnik az export-import tevékenysége, érdemes lesz kérnie a nyilvántartásból való törlését, mert így a továbbiakban már nem szükséges eleget tennie az adatszolgáltatási kötelezettségeknek.
Az áfa törvény harmonizáltsági szintje jó. Így például új intézmény nem is jelenik meg a csatlakozást követően sem. Bár a csatlakozás napjától életbe lép az úgynevezett belpiaci szabályozás, ami azt jelenti, hogy amit az egyes tagállamokba, például Ausztriába szállítunk, azt nem szabad majd exportnak nevezni, vagy amit Németországból hoznak be Magyarországra, az nem import.
Mindkét esetre ugyanis a belpiaci szabályok vonatkoznak. Ez ugyan elvi jelleggel újdonság, gyakorlatilag azonban ugyanazt a burkolt 0 kulcsos technikát hozza vissza, ami az export és import szabályozásra jelenleg is érvényes. Egy unión kívüli országból származó import áru vámkezelése esetében a vám kiszabása tán válik a termék közösségi áruvá. A forgalmi adót a vám kiszabásának helyén kell megfizetni.
Az árut egy úgynevezett intrastat dokumentum kíséri a felhasználás helyére, így statisztikailag azonnal nyilvántartásba kerül. Ez a dokumentum egyben a bevallandó áfa statisztika kontroll adata is, hiszen az áfát ilyen esetben önbevallással fizeti be a gazdálkodó, nem pedig a vámteher részeként.
A Magyarországra érkező importárukra eddig a vámhatóság a vámteher részeként szabta ki az importáfát, a fogyasztási és a jövedéki adót. A csatlakozás után így az is elképzelhető, hogy mivel Magyarország tranzitország, a tagállamok itt kezeltetik az importárukat.
A tagállamközi forgalom vám- és vámeljárás-mentessé válik, és megvalósul az áruk valódi szabad áramlása, ám az ellenőrzés alapjának megteremtése érdekében a forgalmi típusú adóztatásra statisztikai nyilvántartást vezettek be. Az EU költségvetésének 30 százaléka származik a tagállamok áfa-alapú befizetéseiből, míg a vámbevétel csak 14 százalékot tesznek ki. A statisztikai nyilvántartási rendszert egyebek közt éppen azért vezették be, hogy az unió ellenőrizhesse az áfa-alapú befizetéseket, követni tudja a tagállamok közötti áruforgalmat és a fogyasztás helyén történő adózást.
Intrastat dokumentumot kell abban az esetben is kitölteni a kereskedőknek, ha két tagállam között zajlik a tranzakció. Ezek az adatok egy brüsszeli adatbázisban futnak össze. Ettől elválik az áfa-bevallás, de ebben az esetben is van összesítő jelentési kötelezettség, ami részben kedvezőbb helyzetet teremthet a gazdálkodók számára. A vámeljárásnál kivetett áfát ugyanis eddig azonnal be kellett fizetni és csak később lehetett visszaigényelni az APEH-től. Az önbevallásos rendszer esetében – ha a befizetendő adó és a visszaigényelhető összeg értéke megegyezik – nem kell befizetni az adót.
Az intrastat dokumentumok Magyarországon a Központi Statisztikai Hivatalhoz (KSH) kerülnek. A KSH és az APEH megállapodása alapján kontrollálják az adatokat.