Bakijev ellen vele együtt 28 volt politikai vezető ellen indult bírósági eljárás a rezsimjét megdöntő áprilisi tömegtüntetésekkel összefüggésben. Hivatalos adatok szerint ezekben több mint 80-an meghaltak, és több mint 1000-en megsebesültek.
Bakijev a hatalomból való elűzetése után Fehéroroszországba menekült, és ott menedékjogot kért és kapott.