Manuel Zelayát az új elnök, Porfirio Lobo személyesen kísérte ki a főváros, Tegucigalpa repülőterére, ahonnan felszállt vele a Dominikai Köztársaságba tartó gép.
Zelayát a hadsereg június 28-án tartóztatta le, és küldte száműzetésbe Costa Ricába az alkotmánymódosításról tervezett népszavazás körül kirobbant vita nyomán. Néhány órával később a hondurasi parlament megfosztotta tisztségétől a baloldali politikust, aki azonban nem adta fel a harcot: szeptemberben titokban visszatért az országba, és a brazil képviseleten keresett menedéket, onnan próbálva elérni visszahelyezését az elnöki tisztségbe.
Zelaya távozásával valószínűleg lezárul a hondurasi politikai válság és egyben enyhül a közép-amerikai ország nemzetközi elszigeteltsége. A volt elnök ugyanakkor – közvetlenül azt megelőzően, hogy beszállt volna a gépbe – közölte, hogy vissza fog térni. A repülőtérnél Zelayát több ezer híve búcsúztatta, akik a gép felszállásakor azt kiabálták: “a nép veled van.”
A volt elnök távozásának előzményeként a hondurasi legfelsőbb bíróság helyi idő szerint kedden felmentette azokat a katonai parancsnokokat, akik részt vettek Zelaya megbuktatásában.
Néhány órával később a tegucigalpai parlament politikai büntetlenséget szavazott meg Zelayának és mindenkinek, aki részt vett eltávolításában. Szerdán pedig beiktatták hivatalába Porfirio Lobo új elnököt, aki rögtön az eskü letétele után aláírta az amnesztiarendeletet.