Ibn al-Sejk al-Libit 2001 végén fogták el Pakisztánban. Először afganisztáni börtönben őrizték, majd 2002 elején Egyiptomba vitték, ahol Szaddám Huszein exelnök bagdadi rezsimje és az al-Kaida közötti kapcsolattartás konkrét eseteiről számolt be.
Al-Libi 2003 februárjában ismét amerikai őrizetbe került, a guantánamói támaszpontra vitték. 2004 januárjában visszavonta a vallomását, majd közel két év múlva egy szenátusi bizottsági jelentés megállapította: kényszerrel csikarták ki belőle a vallomást. A szenátusi bizottság azt is feltárta, hogy az iraki háború megindítása előtt az amerikai hírszerzés jelentős részben a líbiai férfi vallomására hagyatkozott Irak és az al-Kaida kapcsolatának értékelésekor.
Al-Libit az Egyesült Államok 2006-ban adta ki Líbiának, ahol életfogytig tartó börtönbüntetésre ítélték. A férfi 1990-ben csatlakozott az afganisztáni iszlamistákhoz, szélsőséges harcosok toborzásával és kiképzésével foglalkozott.
Jogvédő csoportok felszólították a líbiai hatóságokat, hogy vizsgálják ki al-Libi halálának körülményeit.