Mulasztásokat követett el mind a földi irányító személyzet, mind a pilóták. A Larnacából athéni megállóval Prágába tartó Boeing 737-300-as lezuhanása annak tudható be, hogy a pilóták kézi vezérlési módban hagyták a gép belső nyomást szabályozó szelepét, ami miatt emelkedés közben nem kapcsolt be automatikusan a nyomásnövelő rendszer, majd nem vették észre az erre a problémára figyelmeztető jelzést a pilótafülkében, és a nyomáscsökkenés hatására elvesztették eszméletüket.
A vizsgálat közvetett okként megállapította, hogy hiányosságok voltak a Helios légitársaság szervezeti felépítésében, vezetésében, biztonsági intézkedési rendszerében. A ciprusi légi irányítók pedig nem tartották be maradéktalanul a kötelező biztonsági előírásokat.