A Bábolna 2000-nek keresztelt első feljavító, privatizációt előkészítő programot 1995-ben még az állami gazdaság mindenható urát, Burgert Róbertet követő vezérigazgató, Papócsi László indította el. A sors pikantériája, hogy a részvénytársaság akkor is kísértetiesen olyan helyzetben volt, mint ma: óriási – zömmel éven belüli – hitelállomány, az árbevételhez képest elenyésző profit. A kamatok eleve elvitték a nyereséget, és ez mára sem sokat változott. Erre lett volna gyógyszer az állami feltőkésítés, illetve a pénzügyi befektetőkkel érkező tőkeinjekció (akkor az Európai Újjáépítési és Fejlesztési Bank és az IFC lett volna a pénzügyi befektető, de meghiúsult az üzlet). A programot jóváhagyó ÁPV Rt. ma is azt várja a vezetéstől, hogy az eladás előtt erősítse fel Bábolnát, s készítse fel az uniós csatlakozásra. A lobbik harcának nyomán 1996-ban leváltották Papócsit. Halmai Péter professzor elnökkel és Nagy Gábor vezérigazgató irányításával az új bábolnai garnitúra saját „reorganizációs programját” két lépcsőben, összesen 7,3 milliárd forint tőkejuttatást ígérve hagyta jóvá 1998 februárjában a vagyonkezelő. Ebben a már ismert célokat a piaci részesedések és az árbevétel látványos növelésével (az utóbbinak pár év alatt 50-60 milliárd forintra kellett volna felszöknie), „félgőz” helyett a kapacitások sokkal jobb kihasználásával akarták elérni. Bár az 1997-es mélypontot követően javultak a cégmutatók, a választások után, 1998 novemberében – a Philaxia Pharmával kapcsolatos kezességvállalási ügyre hivatkozva – új vezetést állított Bábolnára az ÁPV Rt. Székely Csaba elnök, a Gödöllői Agrártudományi Egyetem rektora és Karner István vezérigazgató kezébe került a bábolnai gyeplő. Ők sem úszták meg azonban botrány nélkül, ezúttal a számítástechnikai beruházás pályázata keltett viharokat. A vezérigazgató felmentése után hónapokig vitázott a Fidesz és a kisgazdapárt az utódról, majd kinevezték Heimann Zoltánt. A privatizációra való felkészítés ugyan folytatódott, de a piaci helyzet miatt a gazdasági eredmények elmaradtak a várttól. –
