A szlovák-magyar eszmecserék napirendjéről minden bizonnyal hiányozni fog a Duna hajózhatóságának kérdése. Az utóbbi évek során többször feledésbe merült, hogy e probléma és a vízlépcső összefügg egymással. A folyó mintegy 110 kilométeres magyar-szlovák szakasza ugyanis nem felel meg az ENSZ Európai Gazdasági Bizottság (EGB) által megszabott normáknak, vagyis a vízmélység nem mindig éri el a hajók merüléséhez szükséges 2,8 métert. Egyes vélemények szerint a nagymarosi vízlépcső megépítése megoldotta volna ezt a gondot. Így azonban az inkriminált szakasz a transzeurópai Duna-Majna-Rajna vízi út legkritikusabb része marad. Hogy mennyire égető problémáról van szó, azt jól szemlélteti az Integrációs Stratégiai Munkacsoport infrastruktúráról szóló jelentése, amely megállapítja: tarthatatlan, hogy az említett szakaszon veszélybe kerüljön a korszerű hajózás. A szakemberek hozzáteszik: az európai érdekek európai finanszírozást indokolnának. A jelek szerint a kormányzat a két kérdést külön kívánja kezelni. A hágai döntéstől függetlenül célul tűzték ki, hogy az esztendő kétharmadában megfelelő mélységű legyen a Duna ezen szakasza is.
