A nyílt vízben még a legnagyobb termőképességű Keszthelyi-medencében is nagyon kevés az alga (klorofillban kifejezve 10 µg/l alatti értékek jellemzők a tóra). A Zala folyón viszont jelentős tápanyag-utánpótlás érkezik: a folyó torkolatában közel 200 mikrogramm ortofoszfát-foszfor van egy liter vízben, ami kedvezőtlen a tó vízminősége szempontjából. A nitrogéntartalmú tápanyagokból is jelentős az utánpótlás, de az ammónium-karbamid és nitrátformában jelen lévő nitrogén összes mennyisége (100 µg/l) a Zala vízében kevesebb, mint az ortofoszfát-foszfor tartalom.
A Balaton nyílt vízében jelen lévő nitrogénformák és a foszfát-foszfor koncentrációja az előző évekhez hasonlóan alacsony (néhány µg/l). A külső terheléssel, különösen a Zalával érkező víz alacsony nitrogén-foszfor aránya a tó mikroalga-összetételét kedvezőtlenül befolyásolhatja, mivel a nitrogénkötő fonalas kékalgáknak jelenthet versenyelőnyt. A Keszthelyi-medence vizében az algaösszetétel koranyári jelleget mutat, kis mennyiségben ugyan, de megjelentek a fonalas nitrogénkötő kékalgák, amelyek, ha folytatódik ez a bőséges foszfor utánpótlás, a nyár derekára tömegesen elszaporodhatnak.
A tartósan magas vízállás következében megállt a nádas terjedése az északi parton, (egyes helyeken már megint kezd visszaszorulni), míg a déli parton a terjedés üteme jelentősen csökkent. A korábbi alacsony vízállás következtében, a déli part mentén megjelent nádasszigetek mérete, elhelyezkedése nem változott, ezek az új képződmények megmaradhatnak hosszú távon.
A legszembetűnőbb változáson a nádas elvileg szárazföldi, de most elárasztott része megy keresztül. A nádas szárazföldi része jellemzően heterogén, fajokban gazdag, azonban a Balaton magas vízszintje következtében ezek a területek hosszabb időre víz alá kerültek, és az elárasztást kevésbé tűrő fajok ebben az évben eltűntek. Ezeken a helyeken már inkább sás, illetve káka dominanciáról lehet beszélni. A hínárnövények egészséges fejlődést mutatnak: az idén több hínár várható, mint a múlt évben. A gyökerező fajok terjedésének maximális mélysége a magasabb vízszint következtében most 2,5 méter.
A zooplankton kulcsfontosságú az alga- és baktérium-tömeg kiszűrésében és csökkentésében, továbbá rendkívül fontos energia közvetítő a halak felé. Korábbi években-évtizedekben, a zooplankton anyagforgalmi hatékonyságát csökkentették a bemosódó ipari és mezőgazdasági szennyező anyagok, valamint az eutrofizáció során elszaporodott kékalgák. Ezért a zooplanton érzékenyen jelzi a víz minőségét.
Kedvező hatású a magas vízszint
A Balaton zooplanktonjának összetételét, biomasszáját és termelékenységét a Balatoni Limnológiai Intézet munkatársai havi gyakorisággal vizsgálják. A tó jelenlegi magas vízszintje, amely a 2000-2003 közötti, drámai vízszint csökkenést követően alakult ki, közvetett módon jótékony hatással van a zooplanktonra.
A szervezetek sűrűsége már 2004-2005 években nőtt, az ágascsápú rákfélék (Cladocera) nagyobb arányban voltak jelen, mint korábban, és így a társulás anyagforgalmi szerepe is mintegy kétszeresére nőtt. Idén április – május hónapokban 350 – 700 zooplankton szervezetet számláltak egy-egy liter Balaton-vízben, Keszthelynél és Szigligetnél többet, attól keletre kevesebbet.
A zooplankton szerkezete jelenleg, a június 21-22-én vett mintákban – feltehetően a hűvös májusi, június-eleji időjárásnak következtében – még mintegy 3 héttel korábbi állapotot (késő-tavasz) tükröz, a nyugati medencékben nagy (1,5 – 2 körüli) ágascsápú-evezőlábú rák (Cladocera/Copepoda) aránnyal, amely sok apró testű és jól asszimilálható zöld- és kovamoszat jelenlétére utal a vízben. Innen keletre is magas, 1,00 körüli még a Cladocera/Copepoda arány, amely szintén gyorsan pörgő anyagforgalomra utal. A mintákban azonban bőségesen megjelentek már a vándorkagyló planktonikus lárvái, és az árvaszúnyogok levedlett bőrei, amely már nyári jelenség. A mostani nagy hőség következménye, hogy helyenként szórványos halelhullás is jelentkezik.
