Az Átlátszó visszautasítja, alaptalannak, jelentős részükben kifejezetten hazugnak tartja a Szuverenitásvédelmi Hivatal „Az Átlátszó tevékenységének hatása a magyar szuverenitásra” című „vizsgálati jelentésében” megfogalmazott állításokat, amelyek miatt személyiségi jogi pert indít. Az oknyomozó portál szerint a Lánczi Tamás vezette hivatalnak hatásköre sincs az Átlátszó tevékenységének vizsgálatára. Ezt jelzi, hogy nem jogszabályi rendelkezésekre, hanem hatásköreinek összességére hivatkozva próbálta megalapozni vizsgálatát.
A törvény csak más állam, külföldi szerv, illetve személy „érdekében” végzett tevékenységeket, külföldről származó támogatásból finanszírozott pártpolitikai tevékenységet enged vizsgálni. A hivatal összemosta a rá vonatkozó törvényi rendelkezéseket, amikor az Átlátszót önmagában azért vonta vizsgálat alá, mert forrásai egy része külföldi intézményi támogatóktól származik.
Ezzel egy az Alaptörvény által deklaráltan jogszerűen végzett újságírói tevékenység ellen lépett fel, közhatalmi eszközökkel. Az Átlátszó törvénysértőnek tartja, hogy nem kapta meg véleményezésre a jelentés tervezetét, noha ezt a törvény egyértelműen előírja. Az eljárási mulasztás miatt a hivatalt egyértelmű felelősség terheli az Átlátszó jó hírnevét sértő, valótlan tényállításaiért, amelyek közül a legsúlyosabbak miatt indítanak személyiségi jogi pert.
Az Átlátszó kiemelte, a tevékenységével, működésével kapcsolatos minden információ, adat hozzáférhető a NAV, a titkosszolgálatok számára is. Az elmúlt 14 évben soha senki nem állapított meg jogsértést. Így felvetődik a kérdés, mit csináltak a magyar titkosszolgálatok eddig, ha az egyébként nyilvános dokumentumok alapján valóban megállapítható lenne, hogy a portál a szuverenitásra veszélyes hírszerzési, dezinformációs tevékenységet végez, egy idegen ország érdekében. Azt írták, két eset lehetséges: vagy a szolgálatok tökéletesen inkompetensek, vagy a Szuverenitásvédelmi Hivatal az.
Néhány napja az Ügyvédkör vezette le, hogy az Alaptörvény és a magyar jogrendszer sem védi az állami, az üzleti korrupciót, ezért annak kutatása, feltárása, közlése sem sértheti az állam függetlenségét, alkotmányos rendjét. Az Ügyvédkör jelezte, nincs szükség a Szuverenitásvédelmi Hivatalra, mert a nyomozóhatóságok rendelkeznek minden eszközzel, amelyekkel a nemzeti szuverenitás sérelmével kapcsolatba hozható bűncselekmények felderíthetők, vizsgálhatók és szankcionálhatók. Korábban a a Transparency International (TI) Magyarország is törvénysértőnek nevezte a Lánczi-féle Szuverenitásvédelmi Hivatal szervezetről közzétett jelentését.
