A pap a ’80-as években szembeszállt II. János Pál pápa utasításával, nem távozott a közép-amerikai ország baloldali kormányából. Jezsuitaként Cardenal a felszabadítási teológia hirdetője volt, csatlakozott a sandinista lázadókhoz, amikor 1979-ben megdöntötték Anastasio Somoza diktatúráját. 1980-tól sokak által méltatott kampányt folytatott az akkoriban 40 százalékos nicaraguai írástudatlanság felszámolásáért, majd 1984-től 1990-ig oktatási miniszterként is szolgált a sandinista kormányban. Bátyja, a szintén katolikus pap Ernesto Cardenal 1979-től 1987-ig Nicaragua kulturális minisztere volt.
II. János Pál pápa utasította Cardenalt és több más papot, hogy távozzanak a politikából, mert az papi hivatásukkal összeegyeztethetetlen. Amikor ezt visszautasították, a pápa 1984-ben felfüggesztette őket papi szolgálatukból, Fernando Cardenalt pedig távozásra kényszerítették a Jézus Társasága jezsuita rendből. Hét évvel azután, hogy Cardenal 1990-ben felhagyott a politikával, 1997-ben – ritkaságszámba menő lépésként – a Jézus Társasága rend visszahelyezte őt a papi hivatásába.
Utolsó éveit egy Nicaragua elmaradott részein iskolákat működtető jezsuita szervezet vezetésével töltötte.Cardenalról és érdemeiről meleg szavakkal emlékezett meg a hivatalban lévő nicaraguai kormány.
