A májusban elnökké választott Napolitano a pápával beszélgetve az állam laikus berendezkedése mellett állt ki, amellett érvelve, hogy az állam és az egyház egymástól mindenkor függetlenül, szuverén módon kell cselekedjen a számára megszabott kereteken belül, nem feledkezett meg ugyanakkor Európa keresztény gyökereire utalni, amelyeket XVI. Benedek oly fontosnak tart.
A pápa könyvtárában lezajlott félórás találkozójukon, amelyre Napolitanot elkísérte az ugyancsak volt kommunista politikus, Massimo D’Alema külügyminiszter, olyan témákat is megbeszéltek mint a vallásszabadság, az iszlámhoz való viszony és a katolikus egyházfő küszöbönálló törökországi látogatása. Az olasz média történelmi találkozóként tálalta az eseményt.
Értesülések szerint a pápa és Napolitano érintették a családpolitika, a bioetika, a kultúrák közötti párbeszéd és a kegyes halál (eutanázia) kérdéseit is.