A Nemzeti Minőségi Díj pályázatait kategóriánként egy-egy ötfős bírálócsapat értékelte. Először mindegyikük külön-külön pontozta a pályamunkákat, meghatározva a cégek erősségét és gyengeségét, valamint az értékelés pontosításához tisztázandó kérdéseket. Ezek után ültek össze, hogy eredményeiket összevessék. Ha az egyes alszempontok pontozásában 25 százaléknál nagyobb különbség volt közöttük, akkor addig egyeztettek, míg álláspontjukat nem közelítették, majd meghatározták a közös pontszámot, illetve a pályázók erősség-gyengeség listáját. Az értékelés figyelemre méltó tapasztalata volt, hogy a cégek közötti sorrendben a bírálók között nem volt eltérés. Az adott pontszámban azonban jelentős eltérések is akadtak: akik már korábban értékeltek ilyen pályázatokon, azok kritikusabbnak bizonyultak. Az írásos anyag alapján meghatározott végleges pontszámokból kialakult kategóriasorrend két legjobbjánál a bírálók helyszíni vizsgálatot folytattak, amelynek során a pályamunka kérdéses pontjait ellenőrizték. Ennek alapján határozták meg a cégek végső pontszámát, és tettek végül javaslatot a díjak odaítélésére a nemzeti Minőségi Díj Bizottságának.