A délelőtti edzést 1:34,972-es idővel nyerte a brazil pilóta, és rajta kívül senki sem tudott 1:35 alá menni, még csapattársa, az Ausztrál Nagydíjat megnyerő Kimi Räikönnen sem, ő 1:35,779-cel a negyedik helyet szerezte meg. A két Ferrari közé a McLarenek ékelődtek be (Fernando Alonso lett a második, Lewis Hamilton pedig a harmadik), míg a Renault-ok és a Hondák csak a mezőny második felében végeztek.
A tavalyi vb-t megnyerő csapat aztán jelentősen feljavult délutánra, kiközben a McLaren visszaesett: Hamilton 9., Alonso 12. helye nem túl rózsás, Giancarlo Fisichella második, Heikki Kovalainen harmadik helyezése viszont minimum dicséretes, főleg a gyenge első szabadedzés függvényében.
Massát viszont senki sem tudta lepipálni (1:35,780), míg Räikkönennek ezúttal is meg kellett elégednie a negyedik pozícióval, annyi öröme azonban lehet, hogy nem kell motort cserélni az autójában, az erőforrással ugyanis egyelőre nem akadt gond Szepangban. A levegő növekvő páratartalma miatt egyébként az autók nagy része a második szabadedzésen lassabb volt, mint reggel, a pályacsúcsot (1:33.840, Juan Pablo Montoya, McLaren) nem fenyegette veszély pénteken.
Kétszer is megbüntették Fernando Alonsót, mert a második szabadedzésén a boxutcában túllépte a megengedett 60 kilométer/órás sebességet. A spanyol pilóta előbb 600, majd 400 eurós büntetést kapott. Azt még nem tudni, hogy Alonso hibázott, vagy az autóba beépített automata jelzőberendezés volt rosszul beprogramozva. Előbbi esetben a pilóta, utóbbiban pedig a csapat fizeti ki a büntetést.
Malájziai Nagydíj, 2. szabadedzés:
1. Massa (brazil, Ferrari) 1:35,780 perc
2. Fisichella (olasz, Renault) 1:35,910
3. Kovalainen (finn, Renault) 1:36,106
4. Räikkönen (finn, Ferrari) 1:36,160
5. Rosberg (német Williams) 1:36,523
6. Wurz (osztrák, Williams) 1:36,621
7. Kubica (lengyel BMW) 1:36,717
8. R. Schumacher (német, Toyota) 1:36,760
9. Hamilton (brit, McLaren) 1:36,797
10. Heidfeld (német, BMW) 1:36,862
11. Webber (ausztrál, Red Bull) 1:36,906
12. Alonso (spanyol, McLaren) 1:37,041
13. Coulthard (brit, Red Bull) 1:37,203
14. Szato (japán, Super Aguri) 1:37,282
15. Button (brit, Honda) 1:37,578
16. Trulli (olasz, Toyota) 1:37,712
17. Liuzzi (olasz, Toro Rosso) 1:37,855
18. Davidson (brit, Super Aguri) 1:38,334
19. Sutil (német, Spyker) 1:38,419
20. Speed (amerikai, Toro Rosso) 1:38,650
21. Barrichello (brazil, Honda) 1:38,713
22. Albers (holland, Spyker) 1:39,807
1. szabadedzés:
1. Massa (brazil, Ferrari) 1:34,972
2. Alonso (spanyol, McLaren) 1:35,220
3. Hamilton (brit, McLaren) 1:35,712
4. Räikkonen (finn, Ferrari) 1:35,779
5. Rosberg (német, Williams) 1:36,308
6. Webber (ausztrál, Red Bull) 1:36,522
7. Trulli (olasz, Toyota) 1:36,597
8. Nakadzsima (japán, Williams) 1:36,885
9. R. Schumacher (német, Toyota) 1:37,052
10. Kubica (lengyel, BMW) 1:37,121
11. Coulthard (brit, Red Bull) 1:37,484
12. Vettel (német, BMW) 1:37,837
13. Liuzzi (olasz, Toro Rosso) 1:37,882
14. Kovalainen (finn, Renault) 1:38,143
15. Fisichella (olasz, Renault) 1:38,300
16. Sutil (német, Spyker) 1:38,720
17. Szato (japán, Super Aguri) 1:38,966
18. Speed (amerikai, Toro Rosso) 1:39.130
19. Barrichello (brazil, Honda) 1:39.234
20. Button (brit, Honda) 1:39,331
21. Davidson (brit, Super Aguri) 1:39,357
22. Albers (holland, Spyker) 1:40,047