A hivatalról szóló, 2006 év végi kormányrendelet Magyar Közlönyben olvasható módosítása szerint a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal elnökét ezentúl nem a pénzügyminiszter – mivel ilyen már nincs – hanem a közigazgatási miniszter javaslatára a miniszterelnök nevezi ki és ment fel.
Az önállóan gazdálkodó költségvetési szerv a Pénzügyminisztérium helyett (szintén nincs már ilyen) a jövőben a Közigazgatási és Igazságügyi Minisztérium fejezetében alkot önálló jogcímet. A Kehi belső ellenőrzési hatásköre a kormánydöntések végrehajtásának ellenőrzésére, valamint az államháztartási törvényben meghatározott ellenőrzésekre terjed ki.
A hivatal e hatáskörében a külön jogszabályok, kormányhatározatok, valamint a miniszterelnök által előírt ellenőrzési feladatokat végzi – olvasható az új kormányrendeletben, amely kitér arra is, hogy kormánydöntés, a miniszterelnök, illetve a közigazgatási és igazságügyi miniszter utasítása alapján a hivatal elnöke soron kívüli ellenőrzést rendel el.
