Az antikvitásokért felelős izraeli hatóság képviselői szerint a zsinagógát az időszámításunk szerinti V. század végén építhették, és a muzulmán hódítás kezdetéig, vagyis 634-ig működhetett. A szamaritánusok akkoriban hagyták magára a templomot.
Az épület egy ötször nyolc méteres, négyszögletű terem, amely a délnyugati irányban fekvő Garizim-hegy felé néz. A Garizim a szamaritánusok szent hegye volt.
Szakértők szerint a zsinagóga területe a környék vallási és a társadalmi életének központja volt. Régészek kiszabadították a zsinagóga színes, geometrikus mintát követő mozaikpadlóját, benne egy görög nyelvű felirattal, amely így szól: ez a templom.
A bizánci korban Bét-Seán a szamaritánusok fontos központja lett, szuverenitást, nagy fokú önkormányzást élveztek. Mindez Jusztiniánusz uralkodásának végéig (565-ig) tartott, ekkor a szamaritánusok fellázadtak a hatalom ellen. A felkelést leverték, a szamaritánusok pedig megszűntek nemzetként létezni.
A régészek a zsinagóga mellett egy több mint 1500 négyzetméter kiterjedésű majorságra is bukkantak, benne udvarral, lakórészekkel, vendégszállásokkal és raktárokkal.
