Az 1950-ig önálló városként (sőt, 1923-ig faluként) működő, az Üllői és Soroksári út közé szorult Pestszenterzsébeten 1893-ban alakult egyházközség, templomépítésre viszont csak több, mint négy évtizeddel később álltak rendelkezésre a szükséges források:
1937 őszén Szeghalmy Bálintot kérték fel egy templomterv elkészítésére, az erdélyi gyökerekkel rendelkező építész pedig a határon túlra szakadt egyházépítészeti kincsek, erdélyi fatemplomok, illetve Kós Károly életműve által inspirálva készítette el a magyar környezetben egyáltalán nem megszokott épület rajzait.
A munkák 1939. július 2-án indultak el, az alig négy hét múlva kitörő második világháború azonban pillanatok alatt elsöpörte a munkálatokat. 1940. október 13-ra azonban végül elkészült az alagsor, ahol százak vészelték át a bombázásokat.
A soroksári protestáns közösségek honlapja szerint a háború után még mindig a falak mellett váró építőanyagokat az egyház inkább a lebombázott házak újjáépítésére, illetve a Városháza befedésére adományozta, de megemlékezik az illetéktelen kezekről is, akik szintén segítettek csökkenteni a téglahegyek méretét.
Az ötvenes és hatvanas évek folyamán aztán befedték az alagsort, és 1967-re kialakult a ma is látható épület, de az egyházközség nem adta fel a reményt, hogy egyszer talán megvalósulhatnak Szeghalmy harminc éves, faburkolatú-koszorús tornyot mutató tervei.
Erre azonban még évtizedeken át nem volt lehetőség, bár 1994-ben elrendelték az építés folytatását, sőt, megszületett az anyagi háttér megteremtését céljául kitűző Klapka Téri Református Egyházért Alapítvány is.
A terveket azóta Nagy Béla építészmérnök a XXI. századi igényekhez igazította, így a megfelelő fűtési, energetikai, valamint tűzbiztonsági paraméterek mellett az akadálymentességre is figyelt.
