Hodorkovszkij ügyvédje egyben bejelentette: az ítéletet megfellebbezik. A volt oligarcha kérelmének teljesítése esetén is vizsgálati fogságban maradt volna, mivel 2006-ban újabb vádakat hoztak fel ellene, s most ezekben az ügyekben folyik a nyomozás. A csitai bíróság elutasító döntésével az ügyészség és a büntetés-végrehajtás álláspontját fogadta el. Az előbbi szerint attól kell tartani, hogy Hodorkovszkij, ha szabadlábra kerül, akadályozhatja az ellene felhozott újabb vádak ügyében folyó nyomozást, vagy külföldre menekülhet.
A büntetés-végrehajtás a Hodorkovszkij által elkövetett fegyelemsértésekre hivatkozott: hat ilyet regisztráltak, amióta az egykori oligarcha fogházban, illetve börtönben van. Ezek közül hármat ügyvédi fellebbezés nyomán bíróság törölt el, kettő elévült, vagyis csak az hozható fel ellene, hogy nem tette hátra a kezét séta közben. (Ezt egy fogolytársa jelentette, aki a csütörtöki tárgyaláson elmondta, hogy ezt a börtönigazgatóság nyomására tette.)
A fogház által adott jellemzés megállapítja, hogy a fogoly általában jó magaviseletet tanúsít, értelmes, figyelmes, de még nem javult meg, s javulásához továbbra is börtönben kell maradnia. Hodorkovszkij a pénteki tárgyalás kezdetén, amikor a bíró adott öt percet az újságíróknak, elmondta: pénteken bement a cellájába a fogház igazgatója, s később megtudta, hogy újabb fegyelemsértéseket hoztak fel ellene, miszerint nem jelentette a cella lakóinak létszámát és piszkos volt az ivóvizes edény teteje.
Kijelentette azt is: úgy érzi, szabadlábra helyezése igazságos és helyénvaló lenne, az ellene felhozott vádakban foglaltakat nem követte el. Korábban arra hivatkozott, hogy Vlagyimir Putyin elnöksége idején korrupt hivatalnokok áldozatává vált.A VCIOM közvélemény-kutató intézet egy friss felmérése kimutatta: az orosz emberek 47 százaléka szerint Hodorkovszkijnak továbbra is börtönben kell maradnia, s csak 18 százalék véli úgy, hogy mielőbb szabadon kell bocsátani.
Hodorkovszkijt, egykor Oroszország leggazdagabb emberét 2003 októberében vették őrizetbe, s 2005 májusában ítélték 9 év szabadságvesztésre hat vádpont, egyebek között csalás és adócsalás miatt. Az ítéletet fellebbezés nyomán 8 évre enyhítették.
Hodorkovszkijt és volt üzlettársát, Platon Lebegyevet – akire hasonló ítéletet szabtak ki – 2006 decemberében a büntetőtáborból a csitai fogházba vitték, mivel újabb büntető eljárást indítottak ellenük: ezúttal 450 milliárd rubel és 7,5 milliárd dollár 1998-2004 közötti tisztára mosásával vádolják őket, s ha bizonyítottnak találják a vádakat, akár további 15 év szabadságvesztést is kiszabhatnak rájuk.
