A régió legnagyobb terrorhálózatának vezetője Zarkarsi vagy Mbah néven volt ismert. A parancsnok szerint a szervezet első emberét ugyanannak a Jáva szigetén indított nagyszabású akciónak a keretén belül és ugyanaznap tartóztatták le, mint Abu Dujanát, a Jemaah Islamiyah katonai szárnyának vezetőjét. Zarkarsi nyomára Yogyakarta városában bukkantak az indonéz hatóságok.
A 45 éves terroristavezér tartotta ellenőrzése alatt a Jemaah Islamiyah valamennyi indonéziai tevékenységét. Ő képezte ki a JI alacsonyabb beosztású vezetőit, ő osztotta szét a feladatokat, a fegyvereket és a municiót is. Mint a szervezet többi vezetője, ő is Afganisztánban részesült kiképzésben az 1980-as években.
A Jemaah Islamiyah szélsőséges iszlamista szervezet – amely egy egységes délkelet-ázsiai kalifátus létrehozásáért harcol – volt a felelőse a Bali szigetén 2002 októberében elkövetett, 202 halálos áldozatot követelő merényletért, a jakartai Marriott szálloda elleni 2003 augusztusi terrortámadásért, amelyben 12-en haltak meg, valamint a 2004. szeptember 9-i, ugyancsak 12 halottal járó robbantásos akcióért a jakartai ausztrál nagykövetség előtt.
Bár a szervezet több vezetőjét és számos tagját letartóztatták az elmúlt években, nemzetközi elemzők szerint a JI a mai napig több mint 900 taggal rendelkezik, és továbbra is veszélyt jelent a térség biztonságára nézve.
