Haradinaj a szerbek sérelmére elkövetett etnikai tisztogatás vádjával áll a Nemzetközi Törvényszék előtt. A hágai ügyészség álláspontja szerint a Koszovói Felszabadítási Hadsereg (UCK) metohijai körzeti parancsnokaként különösen kegyetlenül lépett fel a térségben élő szerb lakossággal és az állítólagos kollaboránsokkal szemben.
A parancsnoksága alatt álló albán erők 1998 márciusa és szeptembere között kínzással, nemi erőszakkal és gyilkosságok elkövetésével űzték el a szerbeket Dukagjin környékéről. Ha a törvényszék bűnösnek találja, akár életfogytig tartó szabadságvesztést is kiszabhat a volt kormányfőre.
Carla Del Ponte a per kezdetén kijelentette: egyetlen más eljárás során sem voltak a vallomástételre hajlandó tanúk ilyen mérvű fenyegetéseknek és megfélemlítésnek kitéve, mint a mostaniban. A tanúk védelme döntő az eljárás szempontjából, nélkülük kénytelen lesz visszavonni a vádat – figyelmeztetett a főügyész.
Haradinaj mellett a szerb karhatalmi erők ellen fegyveresen harcoló UCK két másik tagja, Idriz Balaj és Lahi Brahimaj is bírái elé állt. Összesen 37 háborús bűntett elkövetésével vádolják őket a Nemzetközi Törvényszék ügyészei. Ramush Haradinaj a háború után fordult a politika felé, és 100 napig volt Koszovó miniszterelnöke, mielőtt a hágai törvényszék 2005-ben vádat emelt ellene.
Amint értesült a vádemelésről, azonnal lemondott tisztségéről, és önként feladta magát Hágában. A törvényszék azonnal szabadlábra helyezte perének kezdetéig, így hazatérhetett, és folytathatta politikai tevékenységét a Szerbiától való elszakadásra törekvő koszovói albánok érdekében.
